Ada tiga dari banyak hal yang saat ini menjadi tantangan dalam menjalankan bisnis logistik di dalam negeri, diantaranya :
yang pertama adalah human capital, di mana sumber daya manusia yang berkompeten sangat sulit didapatkan di Indonesia. Selain itu juga belum ada standarisasi yang baku untuk pekerja logistik. Namun demikian sudah ada usaha dari Asosiasi Logistik Indonesia misalnya, yang membuat sebuah sertifikasi untuk profesi pekerja di bidang logistik.
yang kedua adalah tidak efisiennya dalam menjalankan bisnis logistik. Misalnya adalah memaksakan penggunaan truk yang melebihi kapasitas akan berakibat pada usia kendaraan yang tidak optimal.
yang ketiga adalah kurangnya apresiasi terhadap penggunaan Teknologi Informasi. Penggunaan teknologi informasi semestinya menjadi nilai lebih dari bisnis logistik, karena akan meningkatkan efisiensi dan efektifitas.
Ketiga hal tersebut menjadi tantangan bagi pelaku bisnis logistik. Padahal dengan mengelola dan mengoptimalkan ketiga hal tersebut, maka apa yang dikatakan biaya logistik yang tinggi dapat ditekan sehingga menjadikan bisnis logistik yang dijalankan lebih competitive.